По строй материалам вопрос решить сложно. Либо игроки сами строят, вместо билдеров (но это сложно запарно и т.д.), либо как с изготовлением зелий/оружия/итд - через сбор необходимых ресурсов (хотя бы половины), и после полного сбора их изъятие и, соответственно, постройка (хз, есть это или нет, но если что повторю опять).
Еда... если нельзя реализовать гниение то почему бы просто не сделать стандартную еду хуже? Понизить питательность, чтобы ели кастом еду. Однако, взамен, и кастом еда должна стать дешевле (а не так чтобы на одну похлёбку из опилок требовался стак картошки и три стака деревянных опилок.)
Ценные ресурсы - уже предлагали идею убрать гринд шахты с бесконечными ресами и сделать взамен малые/средние/большие залежи ресурсов в определённых местах, вроде огромного количества угля в горной местности, но малое количество железа, а у магматических гор наоборот - много железа и почти нет угля (чтобы за шахты и ресурсы воевали, а не взяли одну и добываели ресы до бесконечности).