я думаю, что всё это можно решить одним легким способом - сильно ограничить игровую зону и расширять ее по ходу игры. можно, допустим, поставить невидимый барьер на реке, оправдывая тем что там сильное течение, на лодках хер проплывешь а мост просто снесет.
смысл воевать и захватывать территории если можно просто построить новый город в незаселенном месте? а если и будет полностью забита территория городами и домами, или фракции какой-то захочется создать колонию в неизведанных землях, то можно будет типа сделать ивент на постройку каменного моста через реку который не сломается от течения (например)